با توجه به پیشینه ارتباط و هم پوشی فعالیتهای دانشکده مهندسی انرژی و پژوهشکده علوم و فناوری انرژی ، یک تفاهم نامه همکاری بین این دو نهاد آموزشی و پژوهشی دانشگاه ، با هدف استمرار همکاری ، هم افزایی و ارتقای کیفیت فعالیتهای آموزشی و پژوهشی امضا شده است .

دانشکده مهندسی انرژی همچنین ، با دانشکده های مهندسی برق،  مهندسی مکانیک ، مهندسی شیمی و  فیزیک همکاری نزدیک دارد .